由于濕巾的防腐防霉難度大，以往國內不少濕巾生產企業均曾發生過由于濕巾微生物嚴重超標、發臭霉變而造成損失的情況。為了防止濕巾上微生物的繁殖，許多企業都采用在配制液里添加防腐劑的方式以確保產品在保質期內符合衛生。   

除過戊二醛，目前濕巾制造廠商，所使用的防腐體系還有卡松(卡松、Kathon)，這種防腐劑的殺菌廣譜，對細菌、霉菌都具有殺菌效果，但缺點是該產品對細菌芽孢無能為力，對假單胞菌的殺滅效果差，穩定性也不好，對皮膚刺激性強，單獨使用很容易造成防腐失敗。

另外，國內還有一部分濕巾制造廠商，使用了雙胍類、季胺鹽類防腐劑。嚴格意義上講，陽離子屬于殺菌劑隨殺菌但沒有持久的防腐功能，單獨使用于化纖類濕巾尚可短時間保存，而對于棉或含棉濕巾卻起不到應有的防腐作用。

其它防腐劑還有2-甲基異噻唑啉酮(MIT)、5-氯-2-甲基異噻唑啉酮(CMIT)、溴硝醇(布羅波爾)，或藥劑的復合配方隨著國內對要求的越來越嚴格，一些廠商也在積極的尋求新的防腐體系。